El origen de esta iglesia tiene sus raíces en el siglo XIV. El 15 de junio de 1388, en efecto, el entonces obispo de Catania, Simone del Pozzo, concedió a los honestos y devotos habitantes de Pedara la licencia para construir su primera iglesia parroquial bajo la advocación de la gloriosa Virgen María Madre de Dios. El lugar designado para la construcción fue el loco Trinconelli, Trinconello, donde hay una cisterna. Las obras debieron de avanzar con bastante rapidez si ya en 1390 tenemos el nombramiento del primer párroco en la persona del sacerdote Giovanni da Catania. El documento de la licencia, sin embargo, no nos da ninguna otra información para precisar el lugar exacto, ni explicita el título mariano al que se dedicó esta primera iglesia. A esta segunda pregunta responde un documento de 1422 relativo a una concesión de tierras en la contrada Pedara, cerca de la iglesia de Santa Maria Annunziata, rodeada por todos lados por la sciara nuova; si, sólo 32 años después de su construcción, se llama "Santa Maria Annunziata", es justo creer que éste ha sido su título desde su fundación. Por otra parte, se han planteado varias hipótesis sobre la ubicación exacta de la iglesia, pero sólo estudios posteriores podrán darnos una respuesta segura. Como ya hemos informado, en 1422 la iglesia fue rodeada por una nueva colada de lava, probablemente la de 1408, y otras, especialmente entre 1536 y 1537, arrasaron la zona, empujando a los Pedaresi a establecerse más abajo en el valle, dando lugar a los actuales barrios de "San Biagio" y "Matrice". Aquí, en 1547, se inició la construcción de la nueva iglesia parroquial dedicada a Santa Catalina de Alejandría, que se convirtió en copatrona del pueblo junto con la Annunziata; la prueba de que los Pedaresi no habían abandonado su devoción a la Virgen María era tangible: el altar mayor de la nueva iglesia estaba, de hecho, dedicado a la Annunziata. Mientras tanto, a finales del siglo XVI, Ludovico Pappalardo, abuelo de don Diego Pappalardo, construyó la nueva iglesia en una de sus fincas con derecho a sepultura y patronato; estos derechos fueron ejercidos por sus descendientes al menos hasta el siglo XIX. Tras el terremoto de 1693, fue reconstruida gracias al incansable trabajo de don Diego Pappalardo, que la terminó en 1695.
En 1910, un "dinastes" de la familia Pappalardo, un tal Giovanni Papalardo, levantó la bóveda de crucería con la "gran capilla" cerca del ábside, y decoró el interior con puntales en las paredes y un tramo de columnas que sostiene todo el entablamento. En la segunda mitad del siglo XIX, probablemente en 1888, coincidiendo con la construcción del espléndido ferculum para la fiesta exterior de Nuestra Señora, se amplió la iglesia con la adición de la nave derecha, suficiente para albergar el ferculum, que permaneció allí hasta 1935. En 1908 se añadió la nave izquierda. Alberga los restos mortales de la Sierva de Dios Giuseppina Faro (1847 ? 1871), una joven pedense que murió en olor de santidad y cuyo proceso de beatificación aún está en curso. Siempre ha sido destino de muchas peregrinaciones, incrementadas posteriormente por la presencia de la tumba de la 'beata Peppina' (como la llaman los Pedaresi desde su muerte), y en 1971 el arzobispo de Catania, monseñor Guido Luigi Bentivoglio, la elevó a la dignidad de santuario mariano diocesano.
